故事的背景设定在当年大灾难发生在2000年9月13日的第二次世界大战中。十五年后的2015年，主角伊卡里（Shinji Ikari）是一个14岁的男孩，他与父亲分居，父亲与伊根·根杜（Igen Gendou）分开，伊根·根杜（Igen Gendou）是联合国直属私人组织/特别机构NERV的总司令。新的东京市被召唤，一个巨大的通用人形战斗武器新世纪福音战士神秘敌人“攻击第三个新的东京市成为（EVA）第一名被命令战斗的飞机使徒的飞行员”
最初，Shinji由于Gendou的命令而被迫乘坐EVA ，并且因为他目睹了EVA Unit 0的飞行员Rei Ayanami的受伤，但他与使徒作战并成为战斗指挥官和监护人。通过与Katsuragi Misato，同学Touji Suzuhara，Aida Kensuke等进行互动，他逐渐开始按照自己的意愿为EVA奋斗。击败第3和第4使徒，并与返回前线的Ray击败第5使徒的真司，从德国来到日本的女EVA飞行员Soryu Asuka Langley加入拦截使徒，并接连进攻使徒，尽管他们常常陷入困境，但他们勉强获胜。
但是，当新的EVA-3从美国转移到NERV总部时，寄生于3号机的3号使徒开始失控于13号使徒的控制之下，这导致Gendo将3号机用作使徒（敌人）。 ）的决定。
Rei的0号机和Asuka的2号机被击败，但是由于Shinji犹豫要与人类乘坐的EVA作战，Gendou激活了EVA的自动控制系统“虚拟系统”。不管Shinji的意图如何，第一台机器摧毁了第三台机器并挤压了驾驶舱（入口插头）。Shinji得知他的朋友Touji Suzuhara骑在那里。
当一位朋友用他所乘坐的EVA的手伤了腿时，Shinji退出了EVA飞行员的行列，但在那里出现了第14位具有强大力量的使徒。拦截的明日香2号机和雷0号机也没有把敌人击败。见到这种困境的真司决定按照自己的意愿再次乘坐EVA，与使徒作战，并最终通过第一台EVA机器的失控成功击败了使徒。
但是，在与第十五使徒的战斗中，明日香因精神病被摧毁，而丽也在与第十六使徒的战斗中丧生，EVA为0。一位新的飞行员aw or（Kaworu Nagisa）出现在真主面前，真主失去了朋友。Shinji向Kaworu敞开心扉，但他是最后一位（第17位）使徒。但是，Kaworu告诉Shinji，由于他无法实现与Adam会面的目的，他只能幸存下来一个人，并希望她将被EVA的第一台EVA机器杀死。
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